Зильская начальная школа была организована в 1939 году. В 1964 году Зильская начальная школа была преобразована в филиал Дарвагской средней школы, а в 1965 году в филиал Ерсинской средней школы.
В сентябре 1966 года Зильская школа стала самостоятельной восьмилетней школой. Сегодня Зильская СОШ – это одно из лучших , красивых школ района. Эта школа, которая принимает активное участие в мероприятиях района в сфере образования.